Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

Naoki Kuzumi, seorang siswa kelas 11 SMA, kehilangan orang tuanya dalam sebuah kecelakaan lima tahun lalu, dan tinggal bersama bibi, paman, dan sepupunya, Matsuri. Ia selalu menganggap hidupnya biasa saja, kecuali fakta bahwa ia tidak ingat apa yang terjadi di masa mudanya. Suatu hari yang cerah, saat ia sedang tidur siang di bangku, seorang gadis berambut merah—Mikoto—tiba-tiba jatuh menimpanya dari langit. Entah mengapa, ia mengira Naoki adalah adik laki-lakinya. Zaman Naoki adalah tempat perlindungan sementara bagi mereka yang berada di masa depan, ketika banyak orang menderita penyakit yang tidak dapat disembuhkan. Ketika mendengar bahwa adik laki-lakinya, Yuusuke, telah dibawa ke zaman Naoki, Mikoto sendiri pun kembali ke masa lalu.